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基本信息
- 項目名稱：
- PCR-DGGE對腸道菌群定量及定性檢測方法的建立
- 小類：
- 生命科學(xué)
- 簡介：
- 為比較SPF級實驗小鼠糞便總DNA提取方法對腸道菌群多樣性PCR-DGGE檢測的影響，采用3種不同的DNA提取方法來提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，為腸道菌群定量及定性檢測方法的建立為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
- 詳細(xì)介紹：
- 采用基于SDS的裂解法、改進(jìn)的化學(xué)裂解法、Andybio 公司試劑盒提取法3種DNA提取方法提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，對比三種提取方法的細(xì)菌總DNA得率、16S rDNA基因V3區(qū)的PCR得率和變性梯度凝膠電泳（DGGE）圖譜來比較SPF級實驗小鼠糞便總DNA提取方法對腸道菌群多樣性PCR-DGGE檢測的影響，結(jié)果發(fā)現(xiàn)基于SDS的裂解法和國產(chǎn)試劑盒兩種方法提取細(xì)菌總DNA均未得到理想結(jié)果，而改進(jìn)的化學(xué)裂解法對糞便總DNA的提取效果較好，用瓊脂糖電泳時有明顯的較亮條帶，且PCR結(jié)果和DGGE結(jié)果都較理想，能夠檢測到腸道中不同種類的細(xì)菌。PCR-DGGE對腸道菌群定量及定性檢測方法的建立為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
作品專業(yè)信息
撰寫目的和基本思路
- 目的：比較SPF級實驗小鼠糞便總DNA提取方法對腸道菌群多樣性PCR-DGGE檢測的影響。 基本思路：采用基于SDS的裂解法、改進(jìn)的化學(xué)裂解法、Andybio 公司試劑盒提取法3種DNA提取方法提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，對比三種提取方法的細(xì)菌總DNA得率、16S rDNA基因V3區(qū)的PCR得率和變性梯度凝膠電泳（DGGE）圖譜。為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
科學(xué)性、先進(jìn)性及獨特之處
- 以PCR-DGGE的方法代替?zhèn)鹘y(tǒng)的細(xì)菌培養(yǎng)法來測定腸道菌群的變化，因大部分腸道微生物很難利用傳統(tǒng)的選擇培養(yǎng)法培養(yǎng)且對培養(yǎng)設(shè)備要求高，而PCR-DGGE更能夠準(zhǔn)確快速地反映整個腸道菌群的變化。由于大部分實驗采用的商品試劑盒提取DNA的方法價格昂貴，故本課題采用的改進(jìn)的傳統(tǒng)DNA提取法，使DNA的提取變得實驗室化，使PCR-DGGE方法可以在實驗室進(jìn)行大規(guī)模應(yīng)用。
應(yīng)用價值和現(xiàn)實意義
- 本課題中的改進(jìn)的化學(xué)裂解法提取DNA有較大的利用價值，可以對動物糞便中細(xì)菌基因組DNA進(jìn)行有效的提取，且該方法成本低廉，用實驗窒常規(guī)試劑即可完成糞便DNA提取，為研究腸道菌群的數(shù)量及種類提供了基礎(chǔ)，較傳統(tǒng)的選擇培養(yǎng)法快速、簡便。為PCR-DGGE研究腸道菌群的數(shù)量和種類方法提供了可行的前提。
學(xué)術(shù)論文摘要
- 采用基于SDS的裂解法、改進(jìn)的化學(xué)裂解法、Andybio 公司試劑盒提取法3種DNA提取方法提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，對比三種提取方法的細(xì)菌總DNA得率、16S rDNA基因V3區(qū)的PCR得率和變性梯度凝膠電泳（DGGE）圖譜。結(jié)果 基于SDS的裂解法和國產(chǎn)試劑盒兩種方法提取細(xì)菌總DNA均未得到理想結(jié)果，而改進(jìn)的化學(xué)裂解法糞便總DNA的提取效果較好，用瓊脂糖電泳時有明顯的較亮條帶，且PCR結(jié)果和DGGE結(jié)果都較理想，能夠檢測到腸道中不同種類的細(xì)菌。PCR-DGGE對腸道菌群定量及定性檢測方法的建立為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
獲獎情況
- 在大連醫(yī)科大學(xué)第五屆“大學(xué)生課外科技作品大賽”中獲得三等獎
鑒定結(jié)果
- 基于SDS的裂解法和國產(chǎn)試劑盒兩種方法均未得到理想結(jié)果，改進(jìn)的化學(xué)裂解法糞便總DNA的提取效果較好，能夠檢測到腸道中不同種類的細(xì)菌。
參考文獻(xiàn)
- 維普中文科技期刊全文數(shù)據(jù)庫、中國優(yōu)秀博碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫、中國期刊網(wǎng)（中國知識資源總庫）、《中國微生態(tài)學(xué)雜志》、《基因工程技術(shù)實驗指導(dǎo)》
同類課題研究水平概述
- 在國內(nèi)外都進(jìn)行著同類課題的研究，隨著實驗技術(shù)的發(fā)展利用傳統(tǒng)的細(xì)菌培養(yǎng)法來檢測腸道菌群的變化已有點落伍，而現(xiàn)在市場上銷售的高端商品試劑盒雖然效果好但價格太昂貴，不便于大規(guī)模使用，現(xiàn)在國內(nèi)好多科研人員以期用實驗室常規(guī)試劑提取DNA法來取代試劑盒法，建立起完善的DNA提取、PCR-DGGE這套腸道菌群檢測方法。而現(xiàn)在的實驗室常規(guī)試劑提取DNA的方法還未能完善，可重復(fù)性較差、提取的DNA粗體物抑制PCR擴增等問題常常出現(xiàn)?，F(xiàn)在好多課題圍繞怎樣有效地提取DNA并成功進(jìn)行PCR擴增而展開，以期用常規(guī)試劑提取的DNA來使PCR-DGGE這套方法得以完善。
