題-1_100_100.jpg)
基本信息
- 項(xiàng)目名稱：
- 甘薯EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)
- 小類：
- 生命科學(xué)
- 簡介：
- 本研究對甘薯EST序列的SSR引物進(jìn)行了開發(fā)，該研究獲得的甘薯EST-SSR標(biāo)記引物可以用于甘薯材料的親緣關(guān)系鑒定及甘薯基因的定位與克隆。
- 詳細(xì)介紹：
- 本研究利用現(xiàn)有的甘薯EST序列資源，搜索二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重復(fù)次數(shù)分別從1到37次，共發(fā)掘出了1120個(gè)SSR。在甘薯EST-SSR中，二、三核苷酸重復(fù)是主要的重復(fù)類型，二核苷酸有595條占總數(shù)的53.12%，三核苷酸有491條占總數(shù)的43.83%，其他核苷酸重復(fù)所占比例比較少，總計(jì)不足5%。共設(shè)計(jì)出了457對SSR引物，隨機(jī)選出50對引物作進(jìn)一步分析，在10個(gè)甘薯材料中有23對引物顯示擴(kuò)增，引物可用率為46%；有11對引物顯示出多態(tài)性，占可擴(kuò)增引物的52.1%。本研究對甘薯EST序列的SSR引物進(jìn)行了開發(fā)，該研究獲得的甘薯EST-SSR標(biāo)記引物可以用于甘薯材料的親緣關(guān)系鑒定及甘薯基因的定位與克隆。
作品專業(yè)信息
撰寫目的和基本思路
- EST-SSR標(biāo)記目前己經(jīng)被廣泛地應(yīng)用與遺傳多樣性分析，遺傳作圖、不同遺傳圖譜的合并，以及比較作圖等。在大麥、黑麥、甘蔗、小麥、水稻、高羊茅、稱猴桃、葡萄、棉花、甘蔗、黑麥草、云杉、杏樹等多種植物中都建立了EST-SSR標(biāo)記，目前甘薯尚未建立EST-SSR標(biāo)記。
科學(xué)性、先進(jìn)性及獨(dú)特之處
- 本研究所采用的甘薯EST序列為植物基因組序列網(wǎng)站最新更新的序列，而且，目前未見關(guān)于甘薯EST-SSR序列分析及標(biāo)記開發(fā)的報(bào)道，所選用的軟件是被廣泛應(yīng)用，并且是最新版本。
應(yīng)用價(jià)值和現(xiàn)實(shí)意義
- SSR標(biāo)記在自然群體中揭示的變異頻率最高，因而這類標(biāo)記在基因組中具有最高的位點(diǎn)雜合度；并且具有多態(tài)性高，共顯性遺傳，重復(fù)性好等特點(diǎn)，是甘薯遺傳多樣性研究的有效標(biāo)記。因傳統(tǒng)方法甘薯基因組開發(fā)SSR標(biāo)記難度大，開發(fā)成本高，費(fèi)時(shí)費(fèi)力，引物數(shù)量偏少，軟件可用來直接從EST中快捷的篩選出候選標(biāo)記，這樣開發(fā)的費(fèi)用就很低，效率高，篩選引物成功率高。
學(xué)術(shù)論文摘要
- 本研究利用現(xiàn)有的甘薯EST序列資源，搜索二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重復(fù)次數(shù)分別從1到37次，共發(fā)掘出了1120個(gè)SSR。在甘薯EST-SSR中，二、三核苷酸重復(fù)是主要的重復(fù)類型，二核苷酸有595條占總數(shù)的53.12%，三核苷酸有491條占總數(shù)的43.83%，其他核苷酸重復(fù)所占比例比較少，總計(jì)不足5%。共設(shè)計(jì)出了457對SSR引物，隨機(jī)選出50對引物作進(jìn)一步分析，在10個(gè)甘薯材料中有23對引物顯示擴(kuò)增，引物可用率為46%；有11對引物顯示出多態(tài)性，占可擴(kuò)增引物的52.1%。本研究對甘薯EST序列的SSR引物進(jìn)行了開發(fā)，該研究獲得的甘薯EST-SSR標(biāo)記引物可以用于甘薯材料的親緣關(guān)系鑒定及甘薯基因的定位與克隆。
獲獎情況
- 第十一屆“挑戰(zhàn)杯”廣東大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品競賽三等獎。
鑒定結(jié)果
- 無。
參考文獻(xiàn)
- [ 1] 侯夫云, 趙兵, 王慶美, 李愛賢, 張海燕, 劉國貞, 張立明. 分子生物學(xué)技術(shù)在甘薯中的應(yīng)用. 分 子植物育種 2006:119. [2] 宋吉軒, 張敏, 陳超. Dna分子標(biāo)記在甘薯遺傳育種中的應(yīng)用. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2008;36:13055. [3] 張利達(dá), 唐克軒. 植物est-Ssr標(biāo)記開發(fā)及其應(yīng)用. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2010;03:29:534. [4] 賀學(xué)勤, 劉慶昌. 分子標(biāo)記在甘薯育種中的應(yīng)用. 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)：自然科學(xué)版 2004;25:125. [5] 戴李川, 張明龍, 劉繼業(yè), 李小白, 崔海瑞. 用est-Ssr標(biāo)記檢測我國甘藍(lán)型油菜品種的遺傳多樣性. 生物多樣性 2009;5:482. [6] 洪彥彬, 陳小平, 劉海燕, 周桂元, 李少雄, 溫世杰, 梁炫強(qiáng). 源于大豆EST的花生屬（Arachis）同源SSR標(biāo)記的開發(fā)及利用. 作物學(xué)報(bào);2009;02:36:410. [7] 姜春芽, 徐小彪, 廖嬌, 倪志華, 李晶. 獼猴桃est序列的ssr信息分析. 中國農(nóng)學(xué)通報(bào) 2009;13:37. [8] 李維國, 馮素萍, 鄭學(xué)項(xiàng), 高新生. 用est-Ssr標(biāo)記分析巴西橡膠樹的遺傳多樣性. 熱帶作物學(xué)報(bào) 2009;12:1711. [9] 林元震, 郭海, 劉純鑫, 黃少偉, 彭昌操, 陳曉陽. 麻風(fēng)樹est-Ssr的篩選和分析. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2010:5551.
同類課題研究水平概述
- 無。
